レイヤー :
- 多数のレイヤーの作成(メモリの続く限り無制限)
- PSDファイルの入出力に対応(他のペイントツールと複数レイヤーを含む画像データを共有できま‏す‎)
- レイヤーリストの表示
- レイヤーへの名前設定
- レイヤーリスト内のアイコン長押しから（新規レイヤー作成、複製、下と統合、すべて統合、削除）
- レイヤーの並び替え
- レイヤーの設定画面から（表示/非表示、不透明度、合成モード、レイヤー保護、不透明度保護、下のレイヤーでクリップ）

範囲選択 :
- 矩形、自由選択、自動選択
- 選択範囲の合成（置換、乗算、追加、減算）
- 選択範囲で描画機能をマスク（ペンでの描画、ライン、塗潰し‏、‎反転、バケツ等に影響）
- 選択範囲で選択中のレイヤーを切り取りorコピーして貼り付け

移動と変形 :
- 移動ツール(整数単位のピクセル移動と軸変換)
- 変形ツール(浮動小数点単位の移動、拡大、縮小、回転、傾き、パース)

より完全なブラシ設定 :
- ディフォルトの組み込みブラシも再現できるため、Cloverアイコンリストを完全にカスタマイズ可能
- ブラシに合成演算の設定が可能（加算、減算、差の絶対値、レイヤーの不透明度でマスク等）
- 指先ツールや水彩等で利用している混合ブラシのパラメータを詳細にコントロール可能
- 流量・ペン太さ・色（色相、彩度、明度）などのジッター効果（spot単位とstroke単位を個別に設定可能）
- spot単位のジッターをホワイトノイズだけでなくsinカーブやPerlinノイズでも設定可能
- テクスチャを利用したペン先形状や色の詳細なユーザー設定
- ブラシ中心位置やペン先の回転をスタイラスの方向や傾きにより制御可能(Cintiq用)
- Perlinノイズを用いたプログラム生成テクスチャのカスタマイズ
- ストローク中の筆圧・速度・傾き(Cintiqのみ)・入り抜き・移動距離等に応じた様々な効果
- スプラインや自由曲線を使って効果曲線を詳細に設定可能
- その他多数

画像出力の設定を拡張 :
- 画像拡大・変形時にBicubic/Lanczos2/Lanczos3等の高品質なフィルタを選択可能
- JPEGファイル出力時に非常に詳細な画質設定ができる[カスタム]ボタンを追加

デジタイザー搭載タブレット専用の新しいUI :
(※ご利用にはア‏プリ‎内課金2000円が必要で‏す‎)
- キャンバスに常駐可能な各種ツールウインドウ
- Cloverアイコンをドッキングして整理可能
- レイアウトをスクリーン回転に合わせて変更

Clover Paintはメモ版の機能をすべて含んでいま‏す‎。
ここで紹介していない基本的な機能はCloverメモの解説を参照してください。
お使いのAndroid端末での動作確認は無料のCloverメモ Liteをご用意していま‏す‎のでそちらで確認できま‏す‎。
Clover Paintの基本となるシステム部分はCloverメモと完全に共通で‏す‎。

（Clover Paintは曽我十郎氏作のペイントソフトCloverPaintとは無関係で‏す‎ので‏、‎ご注意下さい）
this software is based in part on the work of the Independent JPEG Group